Download o código pronto em Java que verifica se o CPF ou o CNPJ são válidos: Codigo Validação CPF_CNPJ e um rápido tutorial sobre Expressões Regulares em JavaScrip: Expressoes Regulares em JavaScript
Se quiser entender o algoritmo de validação do CPF e CNPJ:
http://www.clubedainformatica.com.br/mostraartigo.php?artigo=62
http://www.clubedainformatica.com.br/mostraartigo.php?artigo=63
Fonte do tutorial de expressões regurales:
http://www.arquivodecodigos.net/arquivo/tutoriais/javascript/js_er_1_1.php
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Prezado amigo sou o editor do Clube da Informática, só para acrescentar ao seu post colocamos também o algoritmo de validação do PIS. Parabéns pelo trabalho! abraço!